Egypten ligger i den nordøstlige del af Afrika med grænser mod øst til Gazastriben og Israel, mod nord til Middelhavet, mod vest til Libyen, mod syd til Sudan. Landets areal er godt 1 mio km². Klimaet giver yderst varme og tørre somre og meget milde vintre. Landets højeste punkt, Katharinabjerget (eller Sinai-bjerget) 2.642 meter over havet ligger i den sydlige del af Sinaiørkenen. Egypten har kontrollen over den næsten 200 km lange Suezkanal, den korteste søvej mellem Det Indiske Ocean og Middelhavet.

Landet består af fire større geografiske regioner, Nildalen og deltaet, Den arabiske ørken, Den libyske ørken og Sinaiørkenen. Nildalen er godt 1.530 km lang. I den sydlige del er dalen sjældent mere end tre km bred, nord for Edfu typisk 8-16 km. Fra Kairo og nordpå breder dalen sig ud i det frugtbare delta. Den arabiske ørken er en udvidelse af Sahara. Den indeholder kun få oaser og er stort set ubeboet. Den nubiske ørken er en højslette, som fortsætter ind i Sudan. Sinai-halvøen er også en ørken.

Nilen, Egyptens eneste flod, er af uendelig stor betydning for landet.